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1、购买条件和对象不同
政策性保障住房享受政府优惠，其购买对象是特定的，只供给城镇中低收入家庭，因而要实行申请审批制度。
而商品房对象和条件不受限制；
2、价格政策不同
政策性保障住房出售实行政府指导价，不得擅自提价出售。
而商品房出售价格完全由市场决定。 居民个人购买的经济适用房产权归国家； 房屋的产权分四部分：使用权、占有权、处置权和收益权，与商品房相比经济适用房的产权只在收益权上与它们不同。农民安置房出售后，收益全部归个人所有。
3、获得土地的方式不同
政策性保障住房建设用地实行行政划拨，免交土地出让金；经济适用房的限制严格，即使获得产证满5年，亦不得向普通公民个人转让，而是由政府职能部门回购；
而商品房采用出让方式须交纳土地出让金；农民安置房不受限制；农民安置房只售不租，对于购买农民安置房的群体设置了严格的限制条件；国家提倡大量供给的一种房屋类型，有“调整住房结构”的作用，对于购买农民安置房的用户的门槛限制相对较低；
参考资料来源：搜狗百科-政策性保障住房
搜狗百科-商品房
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